当院の歴史は、1858年神田お玉ヶ池種痘所設立を源流とし、その後組織改編を経て、1876年本郷本富士町旧加賀藩邸内に新営・移転し、1877年東京大学医学部附属病院と改称し現在に至ります。
当院は高度な医療の提供、医療技術の開発および研修を実施する能力等を備えた施設として、特定機能病院に認定されています。さらに、国際水準の臨床試験や治験の中心的役割を担う施設として臨床研究中核病院、ゲノム医療においては、がんゲノム医療中核拠点病院に認定されています。すべての部門の総力を結集した総合力・チーム医療で、わが国のみならず世界にも誇れる最高水準の医療の提供を目指します。